Tháng 10 năm 1957, theo Quyết định của Tổng cục Hậu cần, Đội điều trị 3 được chuyển thành Quân y viện 103.
Tháng 12 năm 1958 Bộ quốc phòng có quyết định chuyển Quân y viện 103 thuộc quyền quản lý của Cục Quân y (Tổng cục Hậu cần) về trực thuộc Trường sỹ quan Quân y và trở thành bệnh viện thực hành của Trường
Ngày 21 tháng 5 năm 1989 Bộ Tổng tham mưu có Quyết định số 183/QĐ-TM công nhận Viện Quân y 103 là Bệnh viện hạng I của Quân đội. Năm 1995 Viện Quân y 103 được đổi tên thành Bệnh viện 103
Ngày 23 tháng 01 năm 2014 Bộ Quốc Phòng có Quyết định Số 214/QĐ-BQP quyết định đổi tên Bệnh viện 103 thành Bệnh viện Quân y 103.
Theo sát cuộc cách mạng của dân tộc, trong 65 năm xây dựng và trưởng thành, Bệnh viện Quân y 103 đã có những đóng góp đáng kể vào thành tựu cách mạng chung của toàn Đảng, toàn quân và toàn dân ta.
Từ một đội điều trị, biên chế trên 60 người, gồm một bác sỹ, một số sinh viên y khoa và một số y sỹ, y tá, nhân viên, với nhiệm vụ chủ yếu là cấp cứu, điều trị ngoại khoa phục vụ chiến đấu, đã trở thành bệnh viện đa khoa hạng I có một số chuyên khoa tuyến cuối của Quân đội, bao gồm 47 bộ môn, khoa, trung tâm, phòng, ban và trên 1000 cán bộ, nhân viên.
Từ một chi bộ cơ sở với 5 đảng viên, đến nay tổ chức đảng Bệnh viện trở thành đảng bộ cấp trên trực tiếp tổ chức cơ sở đảng có 6 đảng bộ cơ sở và 41 chi bộ cơ sở trực thuộc với gần 1000 đảng viên. Công tác xây dựng Đảng bộ trong sạch vững mạnh luôn được kết hợp chặt chẽ với công tác xây dựng Bệnh viện vững mạnh toàn diện. Việc giáo dục, rèn luyện đội ngũ cán bộ, đảng viên luôn được Đảng bộ Bệnh viện coi trọng. Các tổ chức quần chúng: Đoàn TNCS Hồ Chí Minh, Hội Phụ nữ, Công đoàn và Hội đồng Quân nhân được tổ chức chặt chẽ, phát huy tốt dân chủ ở cơ sở và có những đóng góp tích cực trong việc hoàn thành nhiệm vụ của Bệnh viện.