Bệnh viện có quy mô 1000 giường bệnh nội trú; 08 phòng chức năng; 14 khoa lâm sàng; 09 khoa cận lâm sàng; 07 trung tâm. Bệnh viện Phụ - Sản Trung ương hiện nay không chỉ là cơ sở đầu ngành của chuyên ngành phụ sản, sinh đẻ kế hoạch và sơ sinh mà còn là cơ sở đào tạo đại học, sau đại học; nghiên cứu khoa học, chỉ đạo tuyến và chuyển giao công nghệ về chuyên ngành phụ sản, sơ sinh trong phạm vi cả nước. Bệnh viện có bề dày truyền thống lịch sử, có đội ngũ giáo sư, bác sĩ được đào tạo cơ bản ở trong nước và được học tập nâng cao tay nghề ở các nước tiên tiến có ngành sản phụ khoa và chăm sóc sức khỏe sinh sản phát triển (Châu Âu, Mỹ, Nhật, Úc ...) có tay nghề cao, được rèn luyện trong thực tế, tâm huyết với nghề nghiệp. Hệ thống trang thiết bị phục vụ khám bệnh, chữa bệnh của bệnh viện được đầu tư theo hướng hiện đại, chuyên sâu. Các khoa, phòng, trung tâm của bệnh viện được trang bị đầy đủ các hệ thống máy xét nghiệm sinh hoá; huyết học; miễn dịch ... trong đó có nhiều hệ thống xét nghiệm mới được các quốc gia có nền y học tiên tiến trên thế giới đưa vào sử dụng như hệ thống Autodelfia (xét nghiệm sàng lọc trước sinh và sơ sinh); hệ thống Tendem Mass (sàng lọc các bệnh rối loạn chuyển hoá); hệ thống Sequensing (xét nghiệm QF-PCR) đã giúp thầy thuốc của bệnh viện chẩn đoán, xử trí chính xác các trường hợp bệnh.
