Về tổ chức các khoa gồm:
1.Khoa tiêu hoá- máu- nội tiết, BS Trương Thị Hồng Lạc, chủ nhiệm
2.Khoa Tim- thận- khớp- phổi thường, BS Trần Hữu Qúy, chủ nhiệm
3.Khoa Nội thần kinh, bác sĩ Trần Ngọc Khánh, chủ nhiệm
4.Khoa Nội nhiễm, bác sĩ Phan Ngọc Nam, chủ nhiệm.
5.Khoa Ngoại chung, bác sĩ Nguyễn Ngọc Thạch, chủ nhiệm
6.Khoa Ngoại chấn thương, bác sĩ Vũ Văn Châu, chủ nhiệm.
Sau này nhập 2 khoa Ngoại chung và Ngoại chấn thương thành 1 khoa gọi là khoa Ngoại tổng quát, ngày nay gọi là Ngoại tổng hợp, bác sĩ Nguyễn Ngọc Thạch, chủ nhiệm
7.Khoa Liên chuyên khoa, gồm: tai - mũi - họng; răng - hàm - mặt; mắt, bác sĩ Nguyễn Anh Võ, chủ nhiệm.
8.Khoa Gây mê hồi sức, (gồm phòng mổ, hậu phẫu, hồi sức), bác sĩ Phạm Đăng Lư, chủ nhiệm
9.Khoa Dược, dược sĩ Đoàn Minh Phúc, chủ nhiệm
10.Khoa X quang, bác sĩ Nguyễn Việt, chủ nhiệm
11.Phòng khám bệnh, bác sĩ Trương Như Nguyện, chủ nhiệm
12.Khoa Xét nghiệm, bác sĩ Vũ Thường Vụ, chủ nhiệm.
13.Phòng Y vụ, bác sĩ Hà Văn Lợi, trưởng phòng
14.Phòng Tổ chức Hành chính quản trị, do đồng chí Phạm Khiểu- Phó Giám đốc kiêm trưởng phòng. Sau hơn 1 năm tách thành 2 phòng, gồm: Phòng Tổ chức cán bộ do đồng chí Phạm Khiểu, Phó Giám đốc kiêm trưởng phòng và Phòng Hành chính quản trị.
15.Phòng Hành chính quản trị, do bác sĩ Trần Ngọc Bôn, Phó Giám đốc kiêm trưởng phòng. Sau đó bổ nhiệm cử nhân Nguyễn Văn Hiệu, trưởng phòng.
16.Phòng Tài chính-kế toán, cử nhân Vũ Văn Nam, trưởng phòng.
17.Năm 1991 thành lập Khoa Chống đau, bác sĩ Nguyễn Quốc Hưng Bang làm trưởng khoa. Năm 1996, Khoa Chống đau được chuyển sang Bệnh viện Trưng Vương.
18.Khoa Ngoại thần kinh, được thànb lập ngày 14 tháng 12 năm 1991 theo quyết định số 842/ QĐ-SYT-TC do Giám đốc Sở Y tế ký. Bác sĩ Lê Điền Nhi được điều từ Bệnh viện Chợ Rẫy về Bệnh viện Nhân dân 115 làm chủ nhiệm khoa, sau này là Phó Giám đốc Bệnh viện.
19.Năm 1993, tách Khu B ra khỏi Phòng Kế hoạch tổng hợp thành một khoa (khoa dịch vụ) do bác sĩ Trần Phương Hạnh làm chủ nhiệm
20.Khoa Chẩn đoán chức năng, được thành lập do việc tách bộ phận siêu âm, nội soi, điện tim, điện não ra khỏi khoa X quang, bác sĩ Hồ Vân Hằng, chủ nhiệm.
21.Khoa Trang bị - thanh trùng, được thành lập do tách bộ phận trang bị ra khỏi khoa Dược. Dược sĩ Đinh Thái Sơn, chủ nhiệm
22.Khoa Vật lý trị liệu, được thành lập do tách bộ phận Laser ra khỏi Phòng khám bệnh và bộ phận đông y - vật lý trị liệu ra khỏi khoa Nội thần kinh. Trên cơ sở 2 bộ phận đó thành lập khoa Vật lý trị liệu. Bác sĩ Nguyễn Anh Hùng, chủ nhiệm.
23.Khoa Thận - niệu, được thành lập ngày 20 tháng 01 năm 1996 theo quyết định số 58/ QĐ-SYT-TC do Giám đốc Sở Y tế ký, với sự giúp đỡ của giáo sư Conté (Pháp). Bệnh viện xin bác sĩ Phạm Văn Bùi, trưởng khoa Thận nhân tạo bệnh viện Bình Dân về làm trưởng khoa Thận - niệu.
24.Khoa Cấp cứu hồi sức: Cuối năm 1993 tách cấp cứu ra khỏi phòng khám bệnh và thành lập khoa Cấp cứu hồi sức, bác sĩ Trương Như Nguyện làm trưởng khoa.
25.Phòng Điều dưỡng, được thành lập vào năm 1993, cử nhân điều dưỡng Lương Ngọc Nhi làm trưởng phòng.