Bệnh viện Việt Nam - Cu Ba được quyết định thành lập ngày 18/6/1969 trên cơ sở sát nhập bệnh viện Bích Câu (92 Trần Hưng Đạo), phòng khám tai mũi họng Trần Quốc Toản và khoa răng phố Hàng Bông. Cơ sở lúc ban đầu gồm khu bệnh viện 92 Trần Hưng Đạo (cơ sở cũ của bệnh viện tư nhân Đặng Vũ Lạc) và khu 37 Hai Bà Trưng (một phần của tu viện Saint Marie), lúc đầu là bệnh viện đa khoa lớn nhất thủ đô với 450 giường bệnh. Những năm đầu từ 1970 – 1973 BV được nhiều đoàn chuyên gia Cu Ba sang giúp đỡ phát triển chuyên môn cho các chuyên khoa.
Năm 1992 có quyết định tách bệnh viện, tất cả khối Nội khoa ở 92 Trần Hưng Đạo chuyển về bệnh viện Thanh Nhàn và khoa Nhi chuyển sang bệnh viện Saint Paul. Bệnh viện chỉ còn là 1 bệnh viện chuyên khoa Tai mũi họng, Răng hàm mặt, Phẫu thuật tạo hình và các chuyên khoa nhỏ như Nội, Nhi, Đông Y để phục vụ cho đối tượng BHYT tại quận Hoàn Kiếm và bệnh viện vẫn giữ nguyên tên gọi là bệnh viện Hữu nghị Việt Nam – Cu Ba từ đó đến nay.
Khoa Răng hàm mặt và Tai mũi họng là những chuyên khoa đầu ngành của y tế thủ đô từ những ngày đầu thành lập với nhiều thế hệ thầy thuốc tài năng mà nhiều người từ đây ra đi đã trở thành những người lãnh đạo của ngành như GS Trần Văn Trường nguyên PGĐ bệnh viện, chủ nhiệm khoa RHM bệnh viện.
Hiện nay bệnh viện Việt Nam - Cu Ba với các chuyên khoa lớn như Tai mũi họng, Răng hàm mặt – Phẫu thuật tạo hình đã là 1 đơn vị xuất sắc của ngành y tế thủ đô với nhiều kỹ thuật cao và trang thiết bị hiện đại. Khoa Gây mê hồi sức với 10 bàn mổ được trang bị đầy đủ hệ thống đèn ánh sáng lạnh Dragger, 07 máy gây mê kèm thở Fabius và đầy đủ hệ thống monitoring theo dõi người bệnh, 02 kính hiển vi phẫu thuật hiện đại Zeiss OPNI MDU, 07 dao điện, các hệ thống khoan cắt xương Stryker, hệ thống nội soi phế quản để có thể đặt NKQ cho những trường hợp khít hẹp, hệ thống nội soi Tai mũi họng...
Khoa Răng hàm mặt với nhiều ghế máy mới hiện đại điều khiển cảm ứng và hệ thống camera nội soi trong miệng cho từng máy (intra-oral camera), các hệ thống điều trị tủy bằng Profile và protaper, hệ thống máy khoan cấy ghép Implant và các hệ thống máy chụp panorama chụp toàn cảnh xương hàm, đặc biệt hệ thống 3D tích hợp 3 trong 1 các chức năng của CT+ Cephalo + Panorama lần đầu tiên có mặt tại một BV công ở Việt Nam. Khoa Tai mũi họng với nhiều máy nội soi xoang, các bộ dụng cụ soi ống cứng, ống mềm, các máy đo thính lực và nhĩ lượng hiện đại...Khoa xét nghiệm với các hệ thống máy sinh hóa, huyết học tự động...
Với trang thiết bị hiện đại và đội ngũ cán bộ đầy tài năng được đào tạo trong nước và nước ngoài (23 bác sĩ được đào tạo dài hạn, ngắn hạn tại Mỹ, Pháp, Canada, Thụy Điển, Nga, Ba Lan, Nhật Bản, Hàn Quốc, Đài Loan, Thái Lan) cùng nhiều kỹ thuật cao đã được triển khai có hiệu quả như:
- Hàm khung, hàm nhựa dẻo Biosoft, cầu chụp sứ kim loại và không kim loại (sứ toàn phần). Cấy ghép Implant, nắn chỉnh nha tháo lắp và nắn chỉnh nha cố định, đặc biệt đang triển khai kỹ thuật nắn chỉnh nha mặt trong lưỡi (lingual brackets). Điều trị tủy một lần bằng Protaper.
- Phẫu thuật cắt đẩy xương hàm điều trị biến dạng xương hàm (Osteotomy). Kỹ thuật vi phẫu đã trở thành thường quy với việc sử dụng các vạt tự do có cuống mạch nuôi trong điều trị các tổn thương vùng hàm mặt. Điều trị các chấn thương vùng hàm mặt bằng các loại nẹp vít như nẹp Titanium, nẹp vít xuyên ép và nẹp vít tự tiêu. Bắt đầu triển khai kỹ thuật giãn xương hàm (Osteodistraction) điều trị các biến dạng xương hàm.
- Nội soi Tai mũi họng đã trở thành kỹ thuật thường quy và vá nhĩ đường trong tai qua nội soi và đặt ống Diapolo trong viêm tai giữa thanh dịch đã trở thành các thủ thuật thường quy. Hiện nay khoa Tai mũi họng đang triển khai phẫu thuật tái tạo chuỗi xương con trong việc phục hồi chức năng nghe.