Là bệnh viện được xây dựng lâu đời nhất tại Sài Gòn, Bệnh viện Bệnh nhiệt đới đã trải qua một quá trình hình thành và phát triển kéo dài trên 150 năm.
1. Giai đoạn từ khi được xây dựng đến 30/4/1975
Bệnh viện Bệnh nhiệt đới được xây dựng năm 1862, lấy tên là Bệnh viện Chợ Quán, do một số nhà giàu hảo tâm người Việt đóng góp xây dựng và quản lý.
Bệnh viện tọa lạc trên một khu đất rộng gần 5 hecta tại làng Chợ Quán nằm giữa Sài Gòn - Chợ Lớn, phía trước có sông Bến Nghé chảy qua (nay gọi là kênh Tàu Hủ). Đây vốn là nền cũ trạm cứu thương của thực dân Pháp khi đánh đồn Kỳ Hòa (1861). Đến năm1864, bệnh viện được giao lại cho chính quyền thời bấy giờ quản lý.
Từ 1862 - 1875, bệnh viện tiếp nhận điều trị các bệnh nhân hoa liễu và người tù bị bệnh.
Từ 1876 – 1904 bệnh viện được sửa chữa và xây thêm, ngoài 110 giường cho người tù bị bệnh và 20 giường dành cho bệnh nhân bệnh hoa liễu, bệnh viện được bổ sung 6 phòng bệnh truyền nhiễm, phòng phẫu thuật và phòng sanh.
Năm 1901, lớp nam y tá đầu tiên của cả nước được mở ra tại bệnh viện Chợ Quán. Từ năm 1904 – 1907, bệnh viện có thêm khu điều trị tâm thần và trở thành Trung tâm Huấn luyện Y Khoa. Khi Trường Y Khoa Đông Dương được thành lập tại Hà Nội năm 1908, bệnh viện ngưng công tác huấn luyện và trở thành bệnh viện chuyên khoa truyền nhiễm, phong và tâm thần.
Từ 1954 -1957, bệnh viện được giao cho quân đội thời bấy giờ sử dụng 2/3 cơ sở để làm nơi điều trị bệnh lao cho binh lính và đổi tên thành Viện bài lao Ngô Quyền.
Cuối năm 1957, bệnh viện được trả về cho dân sự, lấy lại tên ban đầu là Bệnh viện Chợ Quán, tiếp tục nhận điều trị các bệnh truyền nhiễm, phong, tâm thần, đồng thời tiếp nhận lại sinh viên thực tập chuyên khoa tâm thần.
