Có thể nêu khái quát những thành tựu nổi bật trong giai đoạn nầy như sau:
Lĩnh vực sơ sinh: Năm 2005, khu chuyên sâu sơ sinh đầu tiên của cả nước ra đời với qui mô 150 giường bệnh. Các kỹ thuật hồi sức sơ sinh mới như thở máy rung tần số cao (HFO), thở máy khí NO, làm lạnh toàn thân điều trị bệnh lý não do thiếu ôxy, phẫu thuật dị tật bẩm sinh cũng đã được phát triển trong giai đoạn này nhằm giảm tỉ lệ tử vong sơ sinh (chiếm 1/4 số tử vong tại bệnh viện).
Lĩnh vực bệnh lý nhiễm trùng: Năm 2007, Bệnh viện Phát triển kỹ thuật Real-time PCR phân lập virus EV71 góp phần giảm tỉ lệ chẩn đoán viêm não không rõ tác nhân từ 70% xuống còn 30%. Đặc biệt, nhờ áp dụng các kỹ thuật thở áp lực dương liên tục qua mũi, đo áp lực tĩnh mạch trung tâm, theo dõi huyết áp động mạch xâm lấn, đo và theo dõi áp lực bàng quang, thở máy với biện pháp huy động phế nang, lọc máu liên tục,… mà nhiều bệnh nhi bị Tay Chân Miệng, sốt xuất huyết Dengue nặng đã được cứu sống, làm giảm tử vong do sốt xuất huyết xuống dưới 0,1% tại khu vực phía Nam, tử vong do Tay Chân Miệng còn .
Ngoài những mũi nhọn chuyên sâu nêu trên, trong giai đoạn này, Bệnh viện còn phát triển các kỹ thuật chuyên sâu khác, tăng cường mở rộng hợp tác quốc tế, đẩy mạnh hoạt động trợ giúp bệnh nhân nghèo, hoàn thiện mô hình chăm sóc toàn diện và mô hình quản lý chất lượng bệnh viện, đẩy mạnh ứng dụng rộng rãi công nghệ thông tin vào công tác quản lý.
Sự phát triển Bệnh viện là sự nghiệp của cả tập thể, dưới sự lãnh đạo của Đảng uỷ và Ban Giám Đốc bệnh viện, phối hợp tốt mô hình làm việc theo nhóm liên khoa – phòng, giữ gìn truyền thống đoàn kết, quyết tâm vượt khó của cán bộ nhân viên. Đó là những nhân tố quan trọng dẫn đến sự thành công của Bệnh viện Nhi Đồng 1 ngày nay.
Với mục tiêu hướng về cộng đồng, thực hiện các chương trình hợp tác quốc tế hiệu quả, phát triển mạnh các chuyên khoa sâu, xã hội hóa tốt công tác chăm lo cho bệnh nhân nghèo, giữ vững công bằng y tế trong bệnh viện, tích cực hỗ trợ mạng lưới nhi khoa tuyến trước, trên nền tảng phát triển liên tục và bền vững vì các thế hệ tương lai đất nước, Bệnh viện Nhi Đồng 1 quyết tâm thực hiện các hướng đi đúng đắn, phù hợp với chiến lược sức khỏe trẻ em của Tổ chức Y tế thế giới, chiến lược sức khỏe quốc gia trong giai đoạn công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
