Bệnh viện Nhi đồng Thành phố tọa lạc tại số 15 đường Võ Trần Chí, Tân Kiên, Bình Chánh (TPHCM), có diện tích sử dụng đất hơn 124.700m2 , Tổng mức đầu tư ước tính gần 4.500 tỷ đồng từ nguồn vốn nhà nước và các nguồn vốn hợp pháp khác theo Quyết định phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ, là một trong những bệnh viện thuộc Khu y tế kỹ thuật cao Tân Kiên theo đề án Quy hoạch mạng lưới khám chữa bệnh TPHCM đến năm 2020, tầm nhìn năm 2025 của UBND thành phố
Bệnh viện được thiết kế theo tiêu chí hiện đại, tiết kiệm năng lượng và thân thiện với môi trường, với đầy đủ các khu khám chữa bệnh nội trú, ngoại trú; khu cận lâm sàng và chẩn đoán y khoa; khu đào tạo; khu hành chánh; hệ thống hạ tầng kỹ thuật và các công trình phụ trợ hệ thống trang thiết bị hiện đại, đạt tiêu chuẩn ngang tầm với các bệnh viện tiên tiến trong khu vực. Hệ thống trang thiết bị y tế phục vụ hoạt động cho bệnh viện được đầu tư theo hướng hiện đại, kỹ thuật cao; hệ thống xử lý nước thải theo công nghệ AAO (Nhật Bản), đảm bảo an toàn khi xả thải ra môi trường, đáp ứng tốt nhất nhu cầu khám, điều trị của đối tượng bệnh nhân nhi. Bệnh viện có diện tích sàn xây dựng 93.181,61 mét vuông, với 1000 giường bệnh, gồm một tầng hầm, khối phòng khám 3 tầng với chiều cao 23m, khu nội trú 8 tầng với chiều cao 43,6m, khu lây nhiễm được thiết kê tách biệt bảo đảm các tiêu chuẩn theo quy định và các công trình phụ gồm: khu chứa rác, khu xử lý nước thải, trạm khí y tế, trạm biến áp, các nhà bảo vệ, nhà chứa ôxy lỏng… quy mô từ một đến ba tầng.
Đặc biệt, Bệnh viện Nhi đồng Thành phố còn có bãi trực thăng; bãi đậu ôtô, xe máy và các sân chơi cho trẻ em.
Bệnh viện có 10 phòng chức năng, 39 khoa lâm sàng và cận lâm sàng, được trang bị hiện đại với khối hồi sức tích cực chống độc có máy oxy hóa máu bằng màng ngoài cơ thể (ECMO). Trong lĩnh vực ngoại khoa, bệnh viện được trang bị phòng mổ Hybride cho phẫu thuật tim mạch, khoa ngoại thần kinh với hệ thống kính vi phẫu, thiết bị định vị thần kinh. Chẩn đoán hình ảnh được trang bị máy cộng hưởng từ (MRI) và máy chụp cắt lớp điện toán (CT scan) hiện đại 256 lát cắt. Đặc biệt, lần đầu tiên một bệnh viện nhi có khoa ung bướu, y học hạt nhân và khoa xạ trị dành riêng cho trẻ em.
Khi đưa vào hoạt động, bệnh viện sẽ hỗ trợ các Bệnh viện Nhi đồng 1, Nhi đồng 2 giảm tải, đồng thời là cơ sở đáp ứng yêu cầu khám chữa bệnh đạt tiêu chuẩn chất lượng cao cho người dân thành phố, các tỉnh miền Tây Nam bộ và trong khu vực với định hướng tập trung phát triển các kỹ thuật chuyên sâu.
Bệnh viện còn được giao nhiệm vụ phát triển nguồn nhân lực y bác sĩ chuyên khoa nhi cho thành phố, phối hợp với Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch và Đại học Y dược TPHCM, trở thành cơ sở đào tạo theo đúng chủ trương của ngành y tế dưới mô hình viện trường.
Nguồn nhân lực đã được chuẩn bị khá chu đáo từ khâu tuyển dụng, đào tạo, bồi dưỡng kiến thức quản lý… từ năm 2013. Đến nay, bệnh viện đã có trên 600 nhân viên với 245 bác sĩ (TS 04; Ths 14; CKII 04 CKI 43), các bác sĩ, điều dưỡng, kỹ thuật viên được được đào tạo thực hành tại BV Nhi đồng 1 và Nhi đồng 2 trước khi chính thức tham gia công tác khám bệnh, chữa bệnh tại Bệnh viện Nhi đồng Thành phố. Cán bộ lãnh đạo , quản lý của Bệnh viện từ Ban giám đốc đến các trưởng, phó khoa phòng, điều dưỡng trưởng được tuyển chọn và điều động từ nguồn cán bộ đương nhiệm và cán bộ diện quy hoạch của ngành y tế Thành phố.
Ngoài đội ngũ cán bộ chủ chốt được điều động từ các bệnh viện Nhi đồng 1, Nhi đồng 2… bệnh viện còn được hỗ trợ chuyên môn và chuyển giao kỹ thuật từ các bệnh viện Mắt, Răng Hàm Mặt, Phục hồi chức năng – điều trị bệnh nghề nghiệp, Chợ Rẫy, Chấn thương Chỉnh hình, Ung bướu, Trung tâm Dinh dưỡng trong giai đoạn đầu hoạt động.